1日目
3日間にわたり、国立水俣病総合研究センターに滞在しながら、国水研の研究者から水俣病の原因となったメチル水銀の健康影響や国水研の研究・調査活動についての講義を受けた。初日は、水俣病の歴史を学ぶとともに、国水研が国際協力機構（JICA）のプロジェクトとして中米ニカラグアで実施している、マナグア湖の水銀汚染調査などについて詳しい説明がなされた。また、現在地球規模で実施されている環境水銀モニタリングのメカニズムと体制について学んだ。

3日目
午前中は、国水研がメチル水銀中毒の診断法を検討するために、水俣市立総合医療センター内に開設したメグセンター（脳磁計（MgnetoEncephaloGraphy）検査を行う施設）を訪れ、水俣病の症状に対する最新の治療法を見学した。その後、国水研の水俣病情報センターと市立水俣病資料館に移り、水俣病発症のメカニズムや被害の拡大の経緯、補償をめぐる患者運動などに関する展示資料を見学した。ここでは、実際の写真や記録を目にすることで、水俣病が地域にもたらした被害の深刻さを改めて認識した。午後は、胎児性・小児性水俣病の患者が集う施設「ほっとはうす」を訪問した。自らの人生や水俣病について語る患者の話に耳を傾け、講演後は押し花制作作業を通じて患者たちと交流した。また、水俣病患者が早期に確認された地域を実際に歩いて視察し、漁業と被害の関連性や地理的な特徴などについて理解を深めた。

5日目
インターンシップ最終日は、水俣環境アカデミアに移動し、インターンシップを通して学んだ事の振り返りを行った。午前は、古賀実所長から、水俣病の発生から現在の水俣市の環境への取り組みまでを紹介した包括的な講義を受けた。さらに、市立水俣病資料館の元館長で、「地元学」の提唱者でもある吉本哲郎さんから、水俣病をめぐって分裂した人と自然、人と人との関係を修復しようとする「もやい直し」と地域の再生について、具体的な実践を伺った。午後は、現在も水銀汚染の問題を抱えるタンザニア、ニカラグア、インドネシアを事例とし、水銀汚染を改善するために科学者として何ができるかという観点から、グループワークを実施した。学生たちは水俣インターンシップでの学習の成果を活かし、メチル水銀の吸着に効果があるとされる植物の育成や科学的知識を用いた啓発活動など、問題解決への取り組みを独自の観点から議論・発表した。